繁华时尚的忍者岛,乐高小人们过着快乐无忧的日子,除了……隔三差五会遭到邪恶魔头加满都(贾斯汀·塞洛克斯 Justin Theroux 配音)的入侵骚扰外。当然,幸亏有英勇无畏的幻影忍者,他们一次次挺身而出,与魔王大战,才使得忍者岛免于被邪恶统治的危险。绿色忍者劳埃德(戴夫·弗兰科 Dave Franco 饰)是加满都的亲生儿子,不知道他忍者身份的市民们因此经常嘲笑辱骂劳埃德。郁闷的青年只得将一腔怒火撒在以破坏为乐趣的加满都身上。在又一次遭到挫败后,加满都带着威力更强大的军团卷土重来。关键时刻,劳埃德启动了吴大师(成龙 配音)禁止使用的终极武器,最终给忍者岛带来毁灭性的灾难。 
为了拯救忍者岛,幻影忍者们跋山涉水,甚至与加满都展开了合作……